En 'House of Ninjas', la familia Shinobi titular, los Tawaras, siguen siendo el último clan Ninja dentro de la nación. Sin embargo, la trágica pérdida de su hijo mayor, Gaku, mientras estaba en una misión, obliga a la familia a abandonar su legado generacional e intentar una vida lejos del peligro. Sin embargo, a pesar de los mejores intentos de Souichi, su esposa, Yoko, y sus hijos, Haru y Nagi, regresan a sus costumbres Shinobi, incapaces de separarse de una parte crucial de sus identidades. Como tal, con el resurgimiento de los rivales históricos de los Tawaras, el Clan Fuma, la familia de Souichi regresa a su vida anterior por el bien de la seguridad de su nación.
Como resultado, después de que los Tawaras se enteran del peligro potencial que corren el clan Fuma y su líder, Tsujioka Yosuke , el asesino de Gaku, plantea, la herida sin cicatrizar de la muerte de este último trae un nuevo dolor a la familia incluso seis años después. Sin embargo, a medida que entran en juego otras revelaciones, surge la pregunta intrigante: ¿está realmente muerto el heredero Tawara? ¡SPOILERS ADELANTE!
La muerte de Gaku deja a su familia con un dolor abrumador, hasta el punto de que su padre, Souichi, decide eliminar el nombre Tawara de la vida que entregó a su hijo a un destino cruel. Por la misma razón, a pesar de ser una de las últimas casas Shinobi que quedan en la nación, los Tawara se distancian de la Oficina de Gestión Ninja, una organización secreta, e intentan llevar una vida normal. Sin embargo, la vida normal no conviene a la familia.
Por la misma razón, cada uno de los Tawaras se encuentra empleando sus habilidades de diversas formas encubiertas para satisfacer la inquietante picazón de la vida civil. Entre ellos, Nagi sigue siendo la más audaz en sus esfuerzos Shinobi. Nagi y Gaku tenían una relación cercana, y los hermanos mayores asesoraban a su hermana menor y la guiaban durante su entrenamiento. Por lo tanto, el dúo a menudo robaba artefactos de diferentes museos solo para devolverlos a los pocos días. El ejercicio les dio una lección de sigilo: el mejor activo de un ninja.
En consecuencia, incluso después de la muerte de Gaku, Nagi continúa con su entrenamiento en secreto, incluidas patrullas nocturnas sigilosas a museos y otros establecimientos. Aunque el entrenamiento de la niña suele transcurrir sin problemas, un caso la mete en problemas después de que otra figura enmascarada le roba el artefacto robado a Nagi. Así, la joven Shinobi se encuentra entablando una negociación con un acosador anónimo conocido con el seudónimo de 'Ninja X'.
Ninja X busca un pergamino escondido en la casa Tawara, y sus conversaciones obligan a la niña a creer que su hermano está al otro lado de la correspondencia. Además, reconoce una de las espadas que el NinjaX enmascarado le arrojó como una reliquia familiar que heredó Gaku. Dado que Gaku cayó al océano después de su muerte y su cuerpo nunca fue recuperado, Nagi cree que hay una manera en que su hermano pudo haber sobrevivido a su desaparición.
Por la misma razón, negocia con Ninja X, sólo para descubrir que el guerrero enmascarado es en realidad Ayema, una mujer del clan Fuma. Así, Nagi se da cuenta de que su incapacidad para superar la muerte de Gaku la hacía vulnerable a los trucos de los Fumas. Aún así, la joven sigue incapaz de perder su esperanza.
A pesar de la esperanza inicialmente equivocada de Nagi, su corazonada finalmente resulta ser cierta. Poco después de que los Tawaras regresan a su estilo de vida Shinobi y comienzan a realizar misiones para el BNM, la organización se topa con la forma demacrada de Gaku, que ha regresado de entre los muertos. Como resultado, seis años después de su muerte, Gaku regresa a los Tawaras después de años de separación y encarcelamiento entre los Fumas.
Gaku murió en una misión de rescate para salvar a un político japonés a quien los Fumas secuestrado . Aunque la familia Shinobi venció a su enemigo, los Fuma le causaron una grave tragedia a la familia en represalia al tomar a Gaku con la guardia baja y apuñalarlo fatalmente. Posteriormente, el asesino del niño empujó su cuerpo al océano, marcando un capítulo oscuro en la historia de Tawaras.
Sin embargo, Gaku no encontró su fin en esa noche fatal. Aunque el altercado dejó a Gaku gravemente herido y con la pérdida de una pierna, los Fuma rescataron al hombre antes de que pudiera sucumbir a la muerte. En consecuencia, Gaku se convirtió en prisionero en el campo oculto de Fuma mientras el clan se recuperaba bajo el mando de su nuevo líder, Tsujioka Yosuke. Si bien Gaku intentó abandonar la influencia de los Fuma al principio, ya sea escapando o suicidio — Tsujioka lo manipuló para que se quedara más tiempo.
Durante la estancia de Gaku, los valores aprendidos del Shinobi comenzaron a disminuir cuando Tsujioka le reveló el lado feo de su profesión familiar al heredero Tawara. Dado que los Shinobi han servido durante mucho tiempo bajo un poder superior, tienden a seguir órdenes a pesar de sus implicaciones. Como tal, los tawaras, incluido Gaku, han matado a personas sin culpa alguna inmoral en nombre de la seguridad y la preservación de la nación. De hecho, Gaku una vez mató a una mujer para asegurarse de que la aventura de un político permaneciera fuera del ojo público.
Por las mismas razones, la estancia de Gaku con los Fumas cambia intrínsecamente su percepción de su papel dentro del mundo. Como tal, incluso después de recuperar su fuerza y aprender a trabajar con una pierna ortopédica, Gaku permitió que su familia creyera en su muerte mientras él juraba lealtad a los Fuma, convirtiéndose en parte del clan. Sin embargo, ahora que los Tawara han regresado como Shinobi, lo que representa una amenaza para el clan Fuma, Gaku regresa con su familia como un espía infiltrado para recuperar información vital y asegurar la victoria de los Fuma.
Al final, Gaku está vivo e incluso pasa la temporada con su vida intacta. Aún así, a pesar de que intenta engañar a su familia haciéndoles creer que los últimos seis años no lo han cambiado, la verdad sale a la luz a medida que el complot de los Fuma se acerca a su fin. Por lo tanto, mientras Gaku permanece vivo, su supuesta muerte provoca un cambio masivo en su carácter, dejando a los Tawaras todavía lamentando la ausencia de su hijo, incluso cuando se niegan a renunciar a la posibilidad de recuperarlo a la luz.