Utilizando la primera temporada como base, la segunda temporada de 'Hanna' se adentra aún más en los oscuros secretos de Utrax. Junto con eso, también revela lo que hace la siniestra organización para manipular a todos sus prisioneros adolescentes y convertirlos en armas letales. La temporada 2 está repleta de varias revelaciones y un pequeño presagio para el próximo capítulo potencial. Así que no hace falta decirlo, analicemos todos los puntos de la trama y el final de la serie a continuación. (Spoilers a continuación)
Después de escapar de las instalaciones de Utrax, Clara acompaña a Hana. Mientras sobreviven en los bosques, los funcionarios de Utrax intentan localizarlos. Mientras tanto, como se reveló en la temporada 1, las chicas restantes se trasladan a una instalación completamente nueva llamada The Meadows. Clara luego se enamora de una de las trampas de Utrax y termina con el resto de las chicas nuevamente. Mientras tanto, Marissa toma a Hanna bajo su protección y, en un intento de compensar sus errores pasados, le impide rescatar a Clara. Aun así, Hanna logra convencer a Marissa de que la ayude a salvar a Clara. Como resultado, llegan a The Meadows para ejecutar esta misión de rescate.
Sin embargo, nada sale según lo planeado. Utrax captura a Marissa mientras Hanna se convierte en parte de la falsa configuración social de Utrax en The Meadows. Aunque inicialmente se resiste, finalmente acepta The Meadows como su nuevo hogar junto con Clara y los demás. Pronto, Hanna y Jules se unen y se envían a su primera misión de asesinato en la vida real. Hanna ahora tiene que tomar una decisión: ¿se alejará más del camino de Erik o conspirará en secreto contra Utrax?
En The Meadows, todas las niñas bajo la operación de Utrax son liberadas repentinamente. En contraste con su instalación médica anterior, la nueva ubicación les brinda coloridos dormitorios, familias ficticias, acceso a las redes sociales y la oportunidad de socializar con otros. Sin embargo, sin que las niñas lo sepan, todo esto es solo una configuración social simulada para ayudarlas a aprender más sobre el sustento en el mundo real. Como se presagió en la temporada anterior, Utrax siempre tuvo la intención de enviar a estas chicas al mundo real. Por lo tanto, les permite actuar como adolescentes normales, ya que eso, a su vez, les ayudará a disfrazarse de gente corriente en el mundo real.
Para la mayoría de las niñas, Utrax gana control sobre ellas al reemplazar sus ideas previamente existentes sobre la familia, la religión y los amigos. Pero para Hanna y Clara, la organización lucha por establecer algún control porque ya son conscientes de que han perdido a sus familias. Entonces, para ellos, la organización trata de llenar el vacío en ellos que anhela una familia en lugar de reemplazarla. Y así, incluso después de saber que su padre está muerto, Hanna encuentra algo de consuelo en The Meadows.
A Hanna y Jules se les asigna su primera misión en la vida real, donde esperan que Hanna use su experiencia en el mundo exterior. En cuanto a Jules, Leo le dice en secreto que vigile de cerca a Hanna. Según su declaración de misión, tienen que determinar la verdadera identidad de un denunciante llamado Tácito y averiguar el lugar donde planea reunirse con una periodista con sede en Londres, Nicola Gough. La declaración también menciona que solo pueden acceder a Nicola a través de su esposa Bethany James, quien es profesora en la London South Bank University.
Después de pasar por Bethany, Hanna finalmente entra en contacto con Nicola. Toma fotografías de extractos del cuaderno de Nicola y las envía a The Meadows. Después de descifrarlos, Terri deduce que Tácito es un abogado militar afincado en Barcelona llamado Robert Gelder. Aunque la serie se toma su tiempo para revelar por qué John Carmichael quiere eliminar a Robert Gelder (también conocido como Tácito), se hace evidente que Robert tiene el secreto de los motivos de John detrás de Utrax. Robert tiene la intención de revelar estos secretos a Nicola para que finalmente pueda exponer la verdad al mundo entero.
En Barcelona, Hanna también conoce a Stephen, un hombre que trabaja para Marissa. Stephen explica que lo que ahora se conoce como Utrax, anteriormente consistía en un pequeño grupo de células escindidas de radicales nacionales dentro de una agencia llamada The Pioneer Group. Él le dice que ahora sigue siendo uno de los pocos miembros del grupo que no siguió el camino equivocado. Y así, como Hanna, quiere detener la primera operación de Utrax. Hanna se une a Stephen y los dos se dispusieron a detener el asesinato de Robert y Nicola. Sin que ellos lo sepan, Jules vigila a Hanna y descubre su plan.
Debido a Jules, el plan de Stephen de salvar a Nicola de la intercepción fracasa. Para abortar el otro lado de la misión, Hanna se dirige a Barcelona, donde Clara y Sandy intentan interceptar a Robert Gelder. Hanna se acerca a Clara y trata de convencerla de que Utrax no está tramando nada bueno. Pero Clara simplemente la despide diciendo que se supone que no deben cuestionar a la organización y concentrarse en servir a su nación. Solo cuando Hanna la convence de que su madre todavía está viva, la perspectiva de Clara hacia la misión cambia.
A través de la hija de Robert, Kat, Sandy deduce el paradero de la habitación del hotel donde se aloja Robert. Con esto, Clara y Sandy se dispusieron a ejecutar su misión final de matar al abogado antes de que exponga a Utrax. Clara duda, pero Sandy cubre sus errores matando sin piedad a Robert. Aun así, antes de morir, Robert se pone en contacto con una periodista llamada Alba, que recoge un documento de uno de los miembros del personal del hotel. Este documento contiene los secretos de Utrax.
Después de esto, con toda la acción que sobreviene, Alba muere, pero Hanna pone sus manos en el documento. Este documento finalmente revela que la lista de objetivos de asesinato de Utrax consiste en abogados, activistas y otros expertos potencialmente influyentes de diferentes campos que luego podrían marcar la diferencia en el mundo. La mayoría de las personas mencionadas en esta lista de objetivos tienen menos de 18 años y todas tienen menos de 30. Y esa es la razón por la que la existencia de Utrax fue un secreto durante todo este tiempo. Querían eliminar de manera poco ética a una generación más joven de líderes, ya que les permitiría obtener el control del mundo. Y, por supuesto, para una misión como esta, las adolescentes a las que se les ha lavado el cerebro toda la vida son las candidatas perfectas.
Durante todo este tiempo, fue culpa de John que Robert se enterara de la misión. Como se reveló en un flashback, John una vez se emborrachó y le contó al abogado todo sobre los motivos secretos de Utrax. Pero en lugar de exponer a John, Marissa toma el control y lo chantajea para que los lleve a los poderes superiores de The Pioneer Group, que le dio órdenes de dirigir Utrax. El final prepara el escenario para otra temporada en la que Marrissa y Hanna ahora eliminarán a los que dirigen el malvado Pioneer Group. Clara probablemente no se unirá a ellos cuando vaya a Egipto para encontrarse finalmente con su madre.